St. Johann liegt an den Ufern des Mühlkamps, am Rand der Donauauen. Vor der Regulierung des Donaustromes war St. Johann ein beliebter Rastplatz der Donauschiffer – und ein bedeutender Umschlagplatz für Waren aller Art.
St. Johann war bis 1576 eine eigene Pfarre und stand unter der
Patronanz des Stiftes Dürnstein. Nach verheerenden Überschwemmungen
wurde die Pfarre wurde aufgelöst und fiel an Grafenwörth.
Lange Zeit beherbergte die Kapelle von St. Johann eine
kunsthistorische Rarität: „Die Mirl von der Au“, eine spätgotische
Marienstatue, deren Herkunft vielen Spekulationen Raum gab. Man nimmt
an, dass diese Statue von einem Hochwasser nach St. Johann getragen und
hier gefunden wurde. Sie hat Doppelgängerinnen: eine Statue von großer
Ähnlichkeit in der Wachau, eine weitere in Bayern. Das wertvolle Relikt
residiert heute im Gemeindeamt Grafenwörth.